Военный комиссариат города Гродно и Гродненского района был образован в декабре 1939 года после освобождения Красной Армии Западной Белоруссии. Первым руководителем Гродненского городского военного комиссариата Белостоцкого уезда был назначен майор Николаев. В трудные годы становления советской власти на исконно белорусской земле, майору Николаеву и его подчиненным пришлось решать немало трудных задач связанных с размещением, организацией учета приписного состава, созданием заново всей структуры деятельности военного комиссариата. С этой задачей коллектив комиссариата справлялся успешно, о чем свидетельствуют архивные материалы тех времен.

22 июня 1941 года после вероломного нападения фашисткой Германии на СССР военнослужащие военкомата проявили мужество, героизм, выполнили свой воинский долг, участвуя вместе с частями Гродненского гарнизона в оборонительных боях за город и в последствии вместе с ними выходили из окружения.

18 июля 1944 году, после освобождения территории Гродненщины от фашистской оккупации, военный комиссариат города Гродно был вновь сформирован и приступил к выполнению задач по предназначению. Военным комиссаром был назначен майор Огилько Николай Константинович (за мужество проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками награжденный орденом «Красной звезды» 28 марта 1942 года).

С октября 1944 года Гродненский городской военный комиссариат возглавил капитан а/с Непогодин Андрей Георгиевич.

С разгромом фашистской Германии и милитаристской Японии закончилась Вторая мировая война.

На основе Закона «О демобилизации старших возрастов личного состава действующей армии», принятого 23 июня 1945 г., демобилизации подлежали 33 призывных возраста в шесть очередей. Вначале должны были уволиться военнослужащие 13 старших возрастов. При этом демобилизацию требовалось провести в короткие сроки без ущерба для боевой готовности войск, и для скорейшего восстановления народного хозяйства.

С 1951 года в целях сосредоточения учета всех мобилизационных ресурсов в местных органах военного управления вся работа по учету военнообязанных из органов милиции была передана в военные комиссариаты. В связи с этим была увеличена численность военных комиссариатов и частично изменилась их организационно-штатная структура.

После распада СССР начался новый этап в истории военных комиссариатов. Так, постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 25 мая 1993 года № 181 было объявлено об образовании местных органов военного управления (военных комиссариатов) Республики Беларусь.

В период с 18 июля 1944 года по настоящее время военный комиссариат прошел 8 этапов организационно-штатных мероприятий и названия его тоже 8 раз менялись.

Примечательно, что 1 июля 1986 года на его базе было сформировано 3 районных военных комиссариата (военные комиссариаты Ленинского, Октябрьского районов города Гродно и Гродненский районный военный комиссариат). В таком виде они проработали 10 лет. С 31 августа 2015 года военкомат получил нынешнее название – военный комиссариат города Гродно и Гродненского района.